W 2000 roku Meißner trafił do VfB Stuttgart. Najpierw wspomógł zespół w uniknięciu degradacji, a w sezonie 2002/2003 wywalczył z nim wicemistrzostwo Niemiec. W sezonie 2003/2004 wystąpił z VfB w rozgrywkach Ligi Mistrzów dochodząc do 1/8 finału, a w lidze zajął z zespołem 4. miejsce. W sezonie 2004/2005 zagrał w Pucharze UEFA oraz zakończył sezon na 5. miejscu. W 2006 roku nie osiągnął żadnych sukcesów z VfB, a po przyjściu do klubu trenera Armina Veha stracił miejsce w składzie i po rozegraniu zaledwie jednego spotkania w rundzie jesiennej sezonu 2006/2007 został zimą wypożyczony do drugoligowego 1. FC Kaiserslautern, z którym nie zdołał wywalczyć promocji do pierwszej ligi. Latem 2007 Meißner powrócił do Stuttgartu. W 2008 roku zakończył w nim karierę.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1993/94 Chemnitzer FC
2. Bundesliga 30 5 1994/95 Chemnitzer FC
2. Bundesliga 30 9 1995/96 Chemnitzer FC
2. Bundesliga 29 7 1996/97 Arminia Bielefeld
Bundesliga 33 3 1997/98 Arminia Bielefeld
Bundesliga 26 2 1998/99 Arminia Bielefeld
2.