Latem 2006 Farnerud zmienił barwy klubowe i za 2 miliony euro został sprzedany do niemieckiego VfB Stuttgart. W Bundeslidze zadebiutował 12 sierpnia w przegranym 0:3 meczu z 1. FC Nürnberg, jednak spisywał się na tyle słabo, że do końca sezonu wystąpił zaledwie jeszcze w 8 meczach. Nie wywalczył miejsca w składzie klubu prowadzonego przez Armina Veha i przegrywał rywalizację o miejsce na środku pomocy z Thomasem Hitzlspergerem czy Pávlem Pardo, miał więc niewielki udział w wywalczeniu mistrzostwa Niemiec. W 2008 roku zajął ze Stuttgartem 6. miejsce w lidze.
Latem 2008 Farnerud odszedł z VfB i za 800 tysięcy euro przeszedł do duńskiego klubu Brøndby IF. W Brøndby grał do końca 2010 roku, a w 2011 przeszedł do BSC Young Boys. Z kolei w czerwcu 2013 roku został zawodnikiem Torino FC, gdzie podpisał trzyletni kontrakt.