Za zadania zostały określone przede wszystkim przedsięwzięcia mające na celu ustalenie danych dotyczących wykorzystywania sprzętu przez siły potencjalnego przeciwnika, jego dyslokacji i sposobu pracy oraz opracowywanie na ich podstawie przedsięwzięć do prowadzenia aktywnego przeciwdziałania.
Pierwszym elementem formowania było powołanie grupy organizacyjnej, na czele której stanął kpt. mar. Józef Jeżewski, późniejszy wieloletni dowódca jednostki. Rozkazem nr 021/Org. z dnia 5 kwietnia 1961 roku, Dowódca Marynarki Wojennej podporządkował nowo formowany oddział szefowi Wojsk Łączności i Obserwacji Marynarki Wojennej. 6 Ośrodek Przeciwdziałania Elektronicznego osiągnął pełną gotowość bojową 1 czerwca 1961 roku. Początkowo mieścił się w Gdańsku-Jelitkowie, a w 1963 roku został przeniesiony do Oliwy. Pod koniec lat 60 XX wieku przeformowano go w 6 Ośrodek Radioelektroniczny, a ten z kolei w 6 Pułk Rozpoznania Radioelektronicznego w 1978 roku.
Następnie jednostka powróciła do wcześniejszej nazwy – 6 Ośrodek Radioelektroniczny i została przeniesiona do Gdyni-Oksywia.