Międzynarodowy zasięg czasopism medycznych także wymagał ujednolicenia mianownictwa, a w wielu krajach funkcjonowały (i nadal funkcjonują) zwyczajowe nazw chorób, nieużywane poza jego granicami. Przykładem może być nazwa choroby Leśniowskiego-Crohna, stosowana jedynie w Polsce, albo zespół Szereszewskiego-Turnera, używana w krajach dawnego ZSRR na określenie zespołu Turnera. Niektóre eponimy powoli tracą na znaczeniu i idą w zapomnienie, podczas gdy inne są dalej bardzo powszechne (np. zespół Downa, choroba Alzheimera).
Argumenty zwolenników eponimów medycznych są następujące: ułatwiają zapamiętanie nazwy choroby, nierzadko są krótsze od pełnej nazwy choroby niebędącej eponimem niekiedy zastępują powszechną, ale niepoprawną nazwę choroby zespół może mieć złożoną etiologię, trudną do uwzględnienia w opisowej nazwie używanie eponimów medycznych jest wyrazem pamięci o lekarzach zasłużonych dla medycyny.
Argumenty przeciwników eponimów medycznych: nie niosą żadnej informacji o chorobie, poza historyczną nazwy faworyzują medycynę zachodnią często pierwszeństwo w odkryciu choroby przypisano innej osobie eponimy mogą honorować osoby niegodne tego zaszczytu w wielu krajach funkcjonują „narodowe” eponimy, niezrozumiałe dla lekarzy innych narodowości.