Wybory do Parlamentu Europejskiego w 2004 przyniosły partii 5 mandatów i poparcie na poziomie 5,9%, co pozwoliło wyprzedzić Ligę Północną i stać się wówczas trzecią siłą w ramach Domu Wolności. UDC popierała rząd Silvia Berlusconiego, kilkakrotnie jednak zapowiadała wyjście z koalicji. Do największych napięć doszło przed wyborami parlamentarnymi w 2006, gdy lider Forza Italia dopuścił do swojego bloku wyborczego ugrupowania neofaszystowskie. Ostatecznie UDC wystartowała w dotychczasowym układzie. Uzyskując wynik 6,76%, 39 mandatów deputowanych i 20 senatorskich, potwierdziła swoje istotne miejsce na włoskiej scenie politycznej. Jednak na skutek porażki całej koalicji partia znalazła się w opozycji.
W 2007 UDC formalnie opuściła Dom Wolności, jednak nie przystąpiła do koalicji rządowej popierającej gabinet Romano Prodiego. Od 2004 do 2008 z ugrupowania odeszło pięć większych grup działaczy. W 2004 Sergio D’Antoni przeszedł z grupą byłych polityków Europejskiej Demokracji do Margherity. W 2005 Gianfranco Rotondi powołał Chrześcijańską Demokrację dla Autonomii, opowiadającą się za bliską współpracą z Forza Italia. W 2005 prefekt Katanii i europoseł Raffaele Lombardo utworzył Ruch dla Autonomii, który pozostał w Domu Wolności.