Pierwsze loty z Aten na Kretę i do Salonik wykonywane były dwoma nowymi samolotami Avro RJ100. W tym samym roku linia wykupiła również przewoźnika Air Greece. W marcu 2001, linia połączyła się z Cronus Airlines. Chwilowo funkcjonowała pod nazwą Aegean Cronus Airlines. W 2005 rozpoczęła współpracę z niemiecką Lufthansą, przystępując jednocześnie do programu Miles & More. W 2006 linia podpisała umowę o współpracy z portugalską linią TAP Portugal. W grudniu 2008 linia ogłosiła współpracę z liniami Brussels Airlines. 30 czerwca 2010 dołączyła do grona sojuszu Star Alliance.
W 2010 linia ogłosiła chęć przejęcia linii Olympic Air. Spotkało się to jednak ze sprzeciwem Komisji Europejskiej, która zablokowała transakcję w styczniu 2011 argumentując decyzję obawami o monopolizację greckiego rynku lotniczego. Ostatecznie w październiku 2013, po uwzględnieniu trudnej sytuacji finansowej Olympic Air oraz ograniczeniu liczby oferowanych połączeń przez obie linie lotnicze, Komisja wydała pozwolenie na przejęcie.
We wrześniu 2024 Aegean poinformował o umowie zawartej z hiszpańską tanią linią lotniczą Volotea na przejęcie 21% udziałów za kwotę 50 mln euro.