Na terytoriach papieskich narastał sprzeciw wobec rządów papieża i jego syna, buntowały się zwłaszcza rzymskie rody arystokratyczne Colonna i Orsini oraz lokalni baronowie na prowincji, którzy w minionych latach zostali pozbawieni wielu swych dóbr i władzy na rzecz Borgiów. Zaraz po śmierci papieża zarówno w Rzymie jak i w prowincjach doszło do krwawych zamieszek. W samym Rzymie siłami zbrojnymi dysponowały aż trzy stronnictwa (Colonnów, Orsinich oraz Cezara Borgii), a w pobliżu stacjonowały hiszpańskie wojska pod dowództwem Gonsalvo de Cordoba oraz francuskie, dowodzone przez Francesco Gonzagę. Sam Cezar miał dyspozycji 12 tysięcy zbrojnych i mógł liczyć na lojalność hiszpańskich kardynałów, którzy, jak powiadano, poprzysięgli dążyć do wyboru kardynała Juana de Very, nawet za cenę schizmy. Ponadto Borgia podjął kroki mające na celu zapobieżenie powrotowi do Rzymu kardynała Giuliano della Rovere, jego osobistego wroga, co mu się jednak nie udało. Baron Fabio Orsini miał w mieście około półtora tysiąca żołnierzy, a Prospero Colonna ponad trzy tysiące. W tej sytuacji powszechnie obawiano się, że może dojść do narzucenia wyboru nowego papieża siłąPastor, s. 185-186; Sede Vacante 1503.
Lista elektorów W konklawe wzięło udział 37 z 45 żyjących kardynałówEubel, s.