Około 1330 r. (dokładna data jest nieznana) rozpoczęto prace budowlane. Pierwotnie zamierzano wznieść kościół obronny z grubymi murami i okienkami strzelniczymi. Jednak zakon krzyżacki nie zezwolił na to żeby w pobliżu Zamku powstała twierdza i wstrzymano budowę. 13 września 1333 r. biskup podpisał umowę pomiędzy Zakonem i Kościołem dotyczącą budowy katedry i od tego momentu kontynuowano budowę tylko świątyni bez obronnych umocnień. Ta data jest uznawana za początek budowy katedry królewieckiej.
Teren na wyspie był bagnisty i przez to budowniczy musieli najpierw wbić w ziemię setki dębowych pali, zanim można było zacząć właściwą budowę. Katedra na Starym Mieście została rozebrana i uzyskane w ten sposób materiały budowlane można było użyć do budowy nowej na wyspie. Specjalnie dla transportu materiału została wzniesiona w murach miejskich Starego Miasta nowa brama i nowy most.
Most został po zakończeniu budowy rozebrany, natomiast brama została zachowana i istniała przez sześć wieków. Po stosunkowo krótkim czasie 50 lat katedra została w 1380 r. w dużym stopniu ukończona. Praca nad freskami wewnątrz katedry trwała jeszcze do końca XIV wieku.