W Bawarii Korbinian rozwinął działalność duszpasterską: zwalczał w swojej diecezji pogaństwo. Po napiętnowaniu przezeń nieprawego związku księcia Grimoalda z Pilitrudą, która była wdową po jego bracie, biskup zaprzestał swojej działalności. W obawie o swoje życie (po rozstaniu z hrabią Pilitruda planowała spisek na życie Korbiniana), biskup udał się do Caines, gdzie przed laty, podczas podróży do Rzymu, założył niewielki klasztor. Następca Grimoalda - Hukbert, po latach sprowadził ponownie Korbiniana do Fryzyngi, gdzie lud przyjął go entuzjastycznie. Wkrótce Korbinian zmarł na serce. Pochowano go w Mais południowym Tyrolu, a w 765 roku zwłoki przeniesiono do Fryzyngi za sprawą księcia Tassilo III.
Legenda Kiedy pustelnik zdążając do Rzymu przekraczał Alpy, zaatakował go niedźwiedź i rozerwał na strzępy muły Korbiniana. Za karę Korbinian kazał drapieżnemu zwierzęciu dźwigać cały ciężar do Rzymu, do tej legendy odwołuje się też ikonografia.