opustoszałe zakonne przejęło wojsko stacjonujące w zamojskiej twierdzy.
Okres pod zaborem rosyjskim Po przejęciu miasta przez kolejnego zaborcę, Rosję, klasztor został rozebrany, a budynek kościoła, tak jak większość pozostałych obiektów w okresie zaborów, pozbawiono wielu elementów architektury i wystroju na styl klasycystyczny, m.in. rozebrano barokowe szczyty oraz sygnatury. Niemniej jednak zachowane zostało barokowe sklepienie krzyżowo-kolebkowe czy też pilastry i płyciny na ścianach od zewnątrz. Okres po I wojnie światowej Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości mieścił się tu przez krótki okres teatr, ale ostatecznie, po renowacji w latach 1925–1926, przywrócono budynkowi funkcję kościoła (szkolnego) pw. św. Katarzyny (1927). Podczas II wojny światowej w krypcie pod kościołem ukryto skrzynię z obrazem Hołd pruski Jana Matejki.