Powieść składa się z trzech części (kompozycja trójkowa jest charakterystyczna również dla późniejszych powieści Krasickiego), z których każda stanowi odrębny typ powieściowy: Księga pierwsza – opisuje dzieciństwo i edukację tytułowego bohatera, ma formę powiastki filozoficznej oraz powieści satyryczno-obyczajowej, z elementami robinsonady. Księga druga – opowiada o reedukacji bohatera na wyspie Nipu. Ma formę utopii. Księga trzecia – konfrontuje nowo nabytą wiedzę bohatera z realiami cywilizacji. Wykorzystuje konwencję powiastki filozoficznej oraz powieści obyczajowej i przygodowej.
Fabuła utworu Księga I Tytułowy bohater wychowuje się w tradycyjnej polskiej rodzinie szlacheckiej. Jego edukacja domowa opiera się głównie na historiach o czarach i duchach. Trafia następnie do szkoły publicznej, prawdopodobnie jezuickiej, która także nie wyróżnia się poziomem. Po śmierci ojca szesnastoletni Mikołaj wraca do domu, gdzie jego edukacji dopełnić ma francuski guwerner, pan Damon, niewykształcony awanturnik, podający się za markiza. Uczy on bohatera głównie języka francuskiego, a także zachęca go do lektury barokowych romansów: Artamène ou le grand Cyrus oraz Clélie Madeleine de Scudéry i Historia Hipolita Madame d’Aulnoy.