W 1949 zawiązała się zrzeszająca zarówno prawicowe, jak i lewicowe środowiska Liga Awami, która postawiła postulat uzyskania przez Bengal Wschodni autonomii i uznania języka bengalskiego za drugi język urzędowy. W 1954 Liga Awami wygrała wybory w Bengalu Wschodnim. Zwycięstwo separatystycznego ugrupowania spowodowało gwałtowną reakcję władz pakistańskich. Aresztowano większość działaczy Ligi Awami i zawieszono lokalne władze. W obawie przed wzrostem dążeń separatystycznych w innych częściach państwa, w 1955 przeprowadzono reformę administracyjną, na mocy której zlikwidowano tradycyjne monarchie w zachodniej części Pakistanu, zaś sama prowincja Bengal Wschodni została zlikwidowana i przekształcona w prowincję Pakistan Wschodni.
23 marca 1956 przyjęta została nowa konstytucja Pakistanu, zgodnie z którą kraj stawał się odtąd federacją dwóch autonomicznych prowincji – Pakistanu Zachodniego i Pakistanu Wschodniego. Obie prowincje miały mieć równą reprezentację w parlamencie i autonomię w sprawach wewnętrznych. Język bengalski został także uznany za drugi język urzędowy.
W 1958 doszło do przewrotu wojskowego. Władzę przejął generał Muhammad Ayub Khan. W całym kraju wprowadzono stan wojenny i zlikwidowano federacyjny charakter państwa.