Wprowadzenie tych samolotów umożliwiło uruchomienie nowych, niemożliwych wcześniej połączeń, jednak błędy konstrukcyjne, materiałowe i niewłaściwe praktyki eksploatacyjne przyczyniły się do dwóch tragicznych katastrof.
Samolot „Mikołaj Kopernik” (wersja niezmodernizowana Ił-62, nr rej. SP-LAA), rozbił się w czasie podejścia do lądowania na lotnisku Warszawa Okęcie 14 marca 1980, zginęła wówczas, między innymi, gwiazda polskiej estrady muzycznej Anna Jantar. 9 maja 1987 rozbił się także samolot „Tadeusz Kościuszko” (wersja zmodernizowana Ił-62M, nr rej. SP-LBG). Katastrofa w warszawskim Lesie Kabackim, pod względem liczby ofiar, stanowi najtragiczniejszy taki wypadek w historii polskiego lotnictwa. Uwarunkowania polityczne uniemożliwiały zmianę dostawcy samolotów, w związku z tym w eksploatowanych przez PLL LOT dokonano zmian techniczno-eksploatacyjnych podnoszących poziom bezpieczeństwa.