Po wybuchu II wojny światowej został powołany do wojska i trafił do 3. batalionu saperów. 19 września 1939, po agresji ZSRR, przekroczył granicę polsko-litewską, został internowany i umieszczony w obozie w Kołotowie. Po czasowym zwolnieniu powrócił do Wilna, gdzie w lipcu 1940 został aresztowany i wysłany do obozu w Kozielsku, a następnie od 1940 przewieziony do obozu jenieckiego NKWD w Griazowcu.
Po zgodzie na uformowanie Polskich Sił Zbrojnych został przewieziony do Tockoje, gdzie tworzyła się 6. Dywizja Piechoty. Poprzez Uzbekistan, Iran i Irak trafił do Szkocji. W Edynburgu objął stanowisko kierownika Katedry Fizyki Polskiego Wydziału Lekarskiego na Uniwersytecie w Edynburgu.
W listopadzie 1945 wrócił do Polski, początkowo na Uniwersytet Warszawski, a w styczniu 1946 przeniósł się do Torunia, gdzie grupa profesorów z Uniwersytetu Stefana Batorego tworzyła Uniwersytet Mikołaja Kopernika. Jabłoński organizował Katedrę Fizyki na Wydziale Matematyczno-Przyrodniczym. W 1946 otrzymał tytuł profesora. W latach 1947–1948 piastował stanowisko prodziekana Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego. Do przejścia na emeryturę w 1968 kierował Katedrą Fizyki Doświadczalnej na UMK w Toruniu.