Allardyce zdołał awansować już w pierwszym sezonie do baraży o Premiership, które przegrał z Ipswich Town. W tym samym, pierwszym roku doszedł do półfinału Pucharu Anglii. Sezon później również doszli do baraży, które tym razem wygrali. Dało to Boltonowi powrót do Premiership po trzech latach nieobecności. Sezony 2001/2002 i 2002/2003 przeminęły pod znakiem przemian w klubie. W sezonie 2003/2004 Bolton zajął ósme miejsce w Premiership i awansował do finału Pucharu Ligi. Rok później klub zajął miejsce szóste i po raz pierwszy w historii wywalczył awans do europejskich pucharów. Allardyce przestał być trenerem Boltonu w kwietniu 2007.
Od 15 maja 2007 do 9 stycznia 2008 był menedżerem Newcastle United. Następnie 17 grudnia 2008 został szkoleniowcem Blackburn Rovers, gdzie pracował do 13 grudnia 2010Blackburn Rovers sack manager Sam Allardyce.
1 czerwca 2011 został menadżerem West Hamu United.
9 października 2015 zastąpił Dicka Advocaata na stanowisku menadżera Sunderlandu.
22 lipca 2016 roku został selekcjonerem reprezentacji Anglii i tym samym zrezygnował z prowadzenia Sunderlandufsajd.onet.pl/newsy/sam-allardyce-trenerem-pilkarskiej-reprezentacji-anglii/mfxmr7.