Pierwsza drewniana świątynia została zniszczona podczas pożaru Ostrołęki w 1563 lub 1565 roku. W związku z jej odbudową król Zygmunt II August zezwolił proboszczowi Wojciechowi Borukowskiemu na wyrąb drewna w lasach starostwa różańskiego oraz w Puszczy Drążewskiej. Prace przerwał kolejny pożar miasta w 1569 roku, a ich kontynuację umożliwiły m.in. środki przekazane przez Wawrzyńca Białobrzeskiego. Odbudowany kościół spłonął ponownie 25 września 1608 roku. Po tej katastrofie nabożeństwa odprawiano tymczasowo w drewnianej szopie, w której ustawiono ołtarz i zawieszono krucyfiks. Odbudowa przeciągnęła się na pierwsze dziesięciolecia XVII wieku. Jeszcze w 1620 roku kościół nie był ukończony, a w 1622 roku Zygmunt III Waza przeznaczył na potrzeby jego budowy i wyposażenia część kar nakładanych na ostrołęckich kupców, piwowarów i członków cechów.