W XVII wieku świątynia została zniszczona przez pożar, a następnie przez wojska szwedzkie podczas wojny trzydziestoletniej. W 1739 kościół przebudowano w stylu barokowym, pozostawiając północną nawę gotycką. W 1810 roku dobra zakonne zostały sekularyzowane, kościół stał się magazynem i częścią szpitala. Od 1820 roku ponownie zaczęto odprawiać nabożeństwa, a kościół został filią parafii św. Krzyża w Opolu. W 1875 roku dobudowano wieżę, wymieniono też dach. W latach 30. XX wieku przebudowano schody od strony rynku, ścianę frontową i wejście, jednocześnie podnosząc poziom posadzki o 1 metr. Wówczas także zbudowano główny ołtarz oraz stacje drogi krzyżowej, powiększono okna. Po II wojnie światowej dawna zakrystia została wyłączona z terenu szpitala i powróciła do kościoła, stając się kaplicą Matki Boskiej Częstochowskiej.
Wyposażenie Tryptyk z XIV wieku „Niepokalana Matka” w otoczeniu świętych męczennic: Agnieszki, Barbara, Cecylii, Katarzyny. Obraz z XVII wieku w ołtarzu głównym przedstawiający legendarny pobyt św. Wojciecha w Opolu. Obraz z XVII wieku przedstawiający Niepokalane Poczęcie NMP, przywieziony przez repatriantów z kolegiaty w Stanisławowie. Barokowa tzw.