Ostatnia z sióstr, Anna Maria Netki, zmarła 26 sierpnia 1885 roku i została pochowana w podziemiach kościoła św. Brygidy w Gdańsku obok swoich współsióstr.
31 marca 1840 roku w celu ratowania tego, co pozostało z klasztoru św. Brygidy, biskup włocławski erygował parafię wojskową przy kościele św. Brygidy. W latach 1849–1851 budynki klasztorne poddano rozbiórce, a na ich miejscu zbudowano dzisiejszą plebanię.
Dzieje kościoła w okresie Wolnego Miasta Gdańska Po I wojnie światowej na mocy traktatu wersalskiego zostało utworzone Wolne Miasto Gdańsk, które terytorialnie, w części miejskiej, weszło pod zarząd biskupa chełmińskiego ze stolicą w Pelplinie. W 1920 roku biskup chełmiński Augustyn Rosentreter erygował parafię terytorialną wydzieloną z parafii św. Katarzyny. Granice parafii obejmowały część Starego Miasta, Osiek, tereny wokół gdańskich stoczni, Zielony Trójkąt i terytorium graniczące z Nowym Portem. Podział ten obowiązywał do roku 1994, kiedy została wydzielona parafia św. Katarzyny Szwedzkiej na Zielonym Trójkącie. Po utworzeniu diecezji gdańskiej w 1925 roku parafia św. Brygidy prowadziła obok duszpasterstwa w języku niemieckim duszpasterstwo w języku polskim. Stan ten trwał do 1 września 1939 roku, czyli do wybuchu II wojny światowej. thumb|left|Pomnik św.