Przechowywanie relikwii Sługi Bożej zapoczątkowało wielki kult św. Brygidy na całym Pomorzu. W 1392 roku z Vadsteny przybyło do Gdańska, na prośbę wielkiego mistrza krzyżackiego, kilka sióstr, w celu przekształcenia stowarzyszenia gdańskich pokutnic w regularny klasztor Najświętszego Zbawiciela. Rozpoczęły one duchową formację i już rok później, zachęcone wynikami swojej pracy i akceptacją miejscowej ludności, wystąpiły do papieża Bonifacego IX o formalne wyrażenie zgody na założenie klasztoru w Gdańsku. Zgoda została udzielona w 1394 roku.
Klasztor brygidek w Gdańsku 8 grudnia 1396 roku został oficjalnie erygowany klasztor Zakonu Najświętszego Zbawiciela w Gdańsku, dla którego macierzystym domem zakonnym był zakon w Vadstenie. Równolegle z erygowaniem zakonu podjęto budowę kościoła klasztornego, która z przerwami trwała do 1512 roku. 4 grudnia 1397 roku bp Stefan z Chełmży dokonał konsekracji nowego halowego, 6-przęsłowego kościoła klasztornego, który w 1514 roku został przebudowany na charakter świątyni trójnawowej.