W roku 1868 przegrali jednak wojnę z Rosją i utracili niepodległość, stając się jej protektoratem. W roku 1920 Chanat Buchary został zniesiony przez bolszewików - z jego terytorium utworzono Bucharską Ludową Republikę Radziecką.

Abulchajrydzi Ustanowienie chanatu thumb|Portret Szibani-chana. Miniatura przedstawia go jako uczonego z przyborami do pisania i książką, chociaż nadal nosi on pierścień łucznika. Zgodnie z umieszczoną na miniaturze kaligrafią jej autorem był "niewolnik" Behzad, jednak bardziej prawdopodobne wydaje się autorstwo malarza wykształconego w Heracie, który znalazł się na uzbeckim dworze. Zbiory Metropolitan Museum of Art Chanat Buchary został założony przez Abulchajrydów, gałąź Szibanidów, która wzięła swoją nazwę od chana Abulchajra (1428–1468). To on jako pierwszy zjednoczył pod swoją władzą większość koczowniczych Uzbeków i urządzał regularne najazdy na terytoria Timurydów. Jednak po jego śmierci utworzona przez niego plemienna konfederacja rozpadła się. Właściwym założycielem Chanatu Buchary miał stać się wnuk Abulchajra, Muhammad Szibani (1500–1510), który po śmierci swojego dziadka służył jako najemnik u lokalnych Timurydów oraz chana Czagataidów Sultana Mahmuda (1487–1508/1509).