Latem 1941 sformował czetnicki oddział partyzancki w północnej Dalmacji, stając na jego czele. We wrześniu został dowódcą pułku czetnickiego „Petar Mrkonjić”. Jego oddziały formalnie wchodziły w skład Ochotniczej Milicji Antykomunistycznej, podlegającej włoskim władzom okupacyjnym.

W 1942 otrzymał tytuł czetnickiego wojewody. Brał udział w organizowaniu Czetnickiej Dywizji Dinarskiej, a następnie został jej dowódcą. Walczył z partyzantami Tity i chorwackimi ustaszami, współpracując natomiast z Włochami, jak też Niemcami. Ponadto Dywizja Dinarska przeprowadzała czystki etniczne wśród Chorwatów. 10 lutego Đujić i pozostali dowódcy czetniccy, Ilija Mihić, Petar Baćović i Radovan Ivanišević, podpisali wspólną odezwę nawołującą Serbów do zniszczenia „Żydów-komunistów”. Pod koniec września 1943 dowództwo niemieckiej 114 Dywizji Piechoty otrzymało od najwyższego dowództwa rozkaz aresztowania M. Đujicia, co było związane z obawami przed rzekomym lądowaniem aliantów w Dalmacji i przyłączeniem się do nich czetników. Rozkaz został jednak zlekceważony przez lokalnych dowódców, gdyż potrzebowali oni pomocy do walki z NOVJ Josipa Broz Tity. W grudniu 1944 Dywizja Dinarska wycofała się za zgodą władz NDH poprzez chorwackie Przymorze i Istrię do Słowenii.