W 1939 roku arcybiskup lwowski, Andrzej Szeptycki mianował go egzarchą Wołynia, Podlasia i Polesia.
W 1939 roku biskup Mikołaj Czarnecki zmuszony został do zrezygnowania z pełnionych funkcji i opuszczenia Wołynia. Osiadł w klasztorze redemptorystów we Lwowie. Powrócił do pracy naukowej. Od 1941 roku był wykładowcą: filozofii, psychologii i teologii moralnej na Akademii Teologicznej we Lwowie.
W 1945 roku został aresztowany przez władze sowieckie i uwięziony. W latach 1946–1956 przebywał w łagrach na Syberii. Ze względu na zły stan zdrowia został zwolniony z katorgi i wrócił do Lwowa, gdzie do końca życia w miarę możliwości pełnił posługę duszpasterską i biskupią.
Pochowany został na Cmentarzu Łyczakowskim we Lwowie. W Polsce cząstka jego relikwii przechowywana jest w neounickiej cerkwi św. Mikołaja w Horodle.
Beatyfikowany przez papieża Jana Pawła II 27 czerwca 2001 roku we Lwowie w grupie 27 nowomęczenników greckokatolickich.
Zobacz też Neounia na Wołyniu Kościół katolicki obrządku bizantyjsko-słowiańskiego Kościół katolicki obrządku bizantyjsko-białoruskiego