Krzysztof Jan Baczkowski (ur. 9 marca 1938 w Wilnie) – polski historyk.

Życiorys Urodził się jako syn Mieczysława, oficera wojska polskiego, i Krystyny z domu Malewskiej. Dzieciństwo spędził w Staszowie, gdzie uczęszczał do szkoły podstawowej i Liceum Ogólnokształcącego (matura 1955). W 1960 ukończył studia na Uniwersytecie Jagiellońskim. Od 1963 był tam asystentem. Doktorat uzyskał w 1975 roku na podstawie pracy "Zjazd wiedeński 1515. Geneza, przebieg i znaczenie." Habilitował się w 1980 roku na podstawie pracy " Walka Jagiellonów z Maciejem Korwinem o koronę czeską w latach 1471-1479. Tytuł profesora uzyskał w 1996 roku. W latach 1984–1988 wicedyrektorem Instytutu Historii, a w latach 1994–2009 kierownikiem tamtejszego Zakładu Historii Powszechnej Średniowiecznej. Do 2009 był ponadto kuratorem Koła Naukowego Historyków Studentów UJ.

W latach 1980–1992 był członkiem NSZZ „Solidarność” (w latach 1980–1981 członkiem komisji wydziałowej), a w latach 1990–1993 Unii Demokratycznej. Jest obecnie członkiem-korespondentem Polskiej Akademii Umiejętności oraz wiceprzewodniczącym Komisji Historycznej Krakowskiego Oddziału Polskiej Akademii Nauk. Ponadto od 1988 do 2009 był także redaktorem Zeszytów Naukowych UJ z serii "Prace Historyczne".