Zasady przyznawania Nagroda jest przyznawana przez Prezydenta Miasta po rozpatrzeniu wniosków i na podstawie rekomendacji dokonywanej przez Komisję Nagród, w skład której wchodzą: Prezes Polskiej Akademii Umiejętności (w funkcji przewodniczącego), dyrektor Wydziału Kultury i Dziedzictwa Narodowego Urzędu Miasta, przewodniczący Komisji Kultury, Promocji i Ochrony Zabytków Rady Miasta Krakowa oraz dziewięciu przedstawicieli krakowskiego środowiska nauki, kultury, sztuki oraz sportu – po trzech przedstawicieli wskazanych przez Polską Akademię Umiejętności, Radę Miasta Krakowa oraz Prezydenta Miasta Krakowa.
Nagrody w dziedzinie nauki i techniki są przyznawane za wybitne prace naukowe, naukowo – badawcze, edytorskie, projektowe, konstrukcyjne, nowe rozwiązania procesów technologicznych, wdrażanie ich na terenie miasta Krakowa. Nagrody w dziedzinie kultury i sztuki są przyznawane za wybitne osiągnięcia w zakresie twórczości literackiej, teatralnej, muzycznej, plastycznej i filmowej, a także za upowszechnianie krakowskiej kultury i sztuki w kraju i za granicą. Nagrody w dziedzinie sportu są przyznawane za osiągnięcia sportowe w zawodach rangi mistrzostw Europy, świata i olimpiady, ustanowienia rekordu świata lub Europy, za osiągnięcia w zakresie rehabilitacji ruchowej i upowszechnianie kultury fizycznej i sportu na terenie miasta