Ten w grudniu 2003 roku uchylił w całości decyzję PZPN.

Wobec powyższego Związek złożył skargę do sądu cywilnego na wyrok Trybunału Arbitrażowego. Zgodnie z procedurami sprawa trafiła do ponownego rozpatrzenia do WD PZPN, gdzie podtrzymano poprzednie orzeczenie. Odwołanie klubu do NKO także nie zmieniło wcześniejszych jej decyzji, więc kary zostały ponownie zaskarżone przez klub do Trybunału Arbitrażowego. W listopadzie 2005 Trybunał Arbitrażowy po raz drugi je uchylił, tym razem, z powodu przedawnienia się karalności czynów. Od tej decyzji PZPN złożył skargę kasacyjną do Sądu Najwyższego RP, która została w całości odrzucona.

9 maja 2007 przed warszawskim Sądem Okręgowym rozpoczął się proces, w którym syndyk masy upadłościowej SSA Szczakowianka żądał od PZPN kwoty 9 089 568 złotych, jako rekompensaty za utracone przez klub wpływy od sponsorów, za prawa do transmisji meczów w telewizji Canal+ oraz ze sprzedaży biletów, co w konsekwencji miało doprowadzić do bankructwa spółki. 31 stycznia 2008 sąd pierwszej instancji oddalił w całości roszczenia powoda i dodatkowo obciążył go kosztami procesu90minut.pl/PAP: Roszczenia Szczakowianki wobec PZPN-u odrzucone.