Historia Początki Klub Motagua założony został 29 sierpnia 1928 roku na spotkaniu w domu wdowy Marthy Vélez de Ramos z inicjatywy Marco Antonio Ponce’a i przy wsparciu Marco Antonio Rosy. Klub powstał jako fuzja rozwiązanych klubów: America, Honduras, Atlético i Aguila. Motagua swój pierwszy mecz rozegrała 25 listopada 1928 roku z drużyną Tejeros del España pochodzącej z dzielnicy Guanacaste. Mecz zakończył się wynikiem 1:1. Głównym sędzią spotkania był Herasmo Velásquez, a kapitanem drużyny Motagua – Constantine Gálvez „Tatino”. Drużynę prowadził pierwszy trener w historii klubu – Daniel Bustillo.
Liga zawodowa W sezonie 1965/66 klub Motagua zadebiutował w honduraskiej lidze zawodowej. Pierwszy mecz 18 lipca klub rozegrał w miejscowości La Ceiba z miejscowym zespołem Vida, przegrywając aż 1:4. Jednak trzy lata później, w roku 1968, Motagua prowadzona przez Rodolfo Godoya zdobyła swój pierwszy tytuł mistrza Hondurasu.