W 2017 roku funkcję dyrektora objął dr Paweł Kojs, a w roku 2021 nowym dyrektorem został prof. dr hab. Arkadiusz Nowak. thumb|200px|Ogród Botaniczny PAN, pomnik pierwszego dyrektora ogrodu prof. Bogusława Molskiego Od początku we współpracy międzynarodowej prowadzono badania naukowe nad gatunkami uprawnymi oraz rzadkimi i ginącymi. W latach 80. XX w. powstał największy na świecie bank genów żyta. Próbowano wyhodować łubin jadalny dla ludzi oraz nowe odmiany limby na obszary wielkoprzemysłowe. W 1992 r. stworzono unikatowy w skali Europy kriobank nasion dla rodzimych gatunków rzadkich i chronionych, endemitów i reliktów. Ogród udostępniono do zwiedzania w 1990 r., a pięć lat później udostępniono Ogród bylinowy i kolekcję roślin egzotycznych, a także oddano do użytku Centrum Edukacji Przyrodniczo-Ekologicznej oraz Bank Nasion Roślin Zagrożonych i Ginących. W roku 1997 dotychczasowa nazwa Ogród Botaniczny PAN została rozszerzona o człon Centrum Zachowania Różnorodności Biologicznej. W 1998 r. rozpoczęto tworzenie rozarium, które dziesięć lat później zdobyło miano kolekcji narodowej. Rok 2003 przyniósł otwarcie we wrześniu największego na polskim niżu alpinarium, zbudowanego z prawdziwych skał tatrzańskich i pienińskich, a w grudniu szklarń ekspozycyjnych.