Wkrótce potem cały swój majątek rozdał biednym i rozpoczął pracę ewangelizacyjną. Planował także udać się na misję do Meksyku, lecz nie zgodził się na to arcybiskup Sewilli Alfonso Manrique de Lara y Solís. Ponieważ jego praca duszpasterska odbywała się głównie w Andaluzji, zyskał przydomek „apostoła Andaluzji”. Aby ułatwić katechizację wśród niepiśmiennego ludu, napisał wierszowaną formę katechizmu Doctrina cristiana que se canta, do której łatwiej było skomponować melodie do śpiewania.
Popularność wśród ludu i skuteczność kazań wzbudziły zazdrość hierarchów kościelnych, czego efektem były fałszywe oskarżenia o niemoralność i głoszenie nauk niezgodnych z doktryną Kościoła. Doprowadziło to do uwięzienie przez inkwizycję w 1531 roku. W czasie dwuletniego pobytu w więzieniu, napisał „Posłuchaj, córko” (), które były przestrogą przed iluminizmem, o który był niesłusznie oskarżany. Przełożył także na hiszpański tekst „O naśladowaniu Chrystusa”. W 1533 roku został oczyszczony z wszelkich zarzutów i uwolniony. Następnie przez kilka lat posługiwał w Kordobie, a później w Estremadurze. Wówczas zaczęli do niego dołączać pierwsi uczniowie, z którymi zamieszkał w alkazarze w Kordobie. Był również mistrzem formacji w tamtejszym seminarium oraz w kolegium w Grenadzie.