Międzyczasie latem pojawiły się pogłoski o transferze Johnsona do hiszpańskiego Realu Sociedad, jednak nowy właściciel klubu zaprzestał rozmów o tej transakcji i tym samym Eddie nie stał się trzecim po Kaseyu Kellerze i Tabie Ramosie amerykańskim piłkarzem w Primera División.
23 stycznia 2008 odszedł do angielskiego Fulham, podpisując kontrakt z klubem do lata 2011 roku. W sierpniu 2008 został wypożyczony do Cardiff City na cały następny sezon. W nowej drużynie zadebiutował 26 sierpnia w pojedynku z Milton Keynes Dons. W Cardiff Johnson rozegrał 30 ligowych meczów, w których zdobył dwie bramki. W maju powrócił do Fulham. W styczniu 2010 Johnsona wypożyczono go greckiego Arisu Saloniki. Rok później dołączył do zespołu Preston również na zasadzie wypożyczenia.
W 2012 roku Johnson wrócił do Major League Soccer i został zawodnikiem Seattle Sounders FC. W 2014 roku grał w D.C. United, w którym zakończył karierę.