Z uwagi jednak na charakterystykę terenu i trudne warunki powodowane przez wiatr, dochodziło tam też do wypadków lotniczych, z których najbardziej znanym stała się katastrofa 4 lipca 1943 roku, w której zginął Naczelny Wódz Polskich Sił Zbrojnych generał Władysław Sikorski.
Po wojnie lotnisko służyło do celów wojskowych, jako baza RAF North Front, jak i cywilnych. Przedłużono jeszcze pas na zachód o dalsze 183 m (200 jardów). Cały czas w poprzek lotniska prowadziła jedyna droga z Hiszpanii do Gibraltaru, na której zamykano ruch kołowy podczas operacji lotniczych. Między 1969 a 1985 rokiem brak było jednak ruchu kołowego z uwagi na zamknięcie granicy przez Hiszpanię. W 1976 roku przeprowadzono wymianę nawierzchni lotniska.
Z powodu sporu terytorialnego Hiszpanii z Wielką Brytanią o przynależność Gibraltaru i strefy neutralnej, na której zbudowane zostało lotnisko, operacje lotnicze na lotnisku napotykały na szereg ograniczeń. W styczniu 1966 roku Hiszpania wprowadziła zakaz lotów samolotów państw należących do NATO do Gibraltaru nad swoim terytorium. Wymagało to wykonania podejścia po łuku od południa przy lądowaniu z kierunku zachodniego, natomiast lądowanie wspierane przez system ILS możliwe było jedynie przy prostym podejściu od zachodu. W praktyce Hiszpania zabraniała lotów samolotów cywilnych innych niż brytyjskie.