30 lat po pierwszej wojnie X-COM staje przed nowym zagrożeniem – tym razem z głębin.
1 stycznia 2040 powstaje pierwsza baza morska X-COM i rozpoczyna się walka z Obcymi w morzach i oceanach, ale także na statkach, w portach czy w nadmorskich kurortach terroryzowanych przez Obcych. W trakcie walki poznajemy stopniowo 11 nowych ras i ich technologię, rozbudowujemy nasze nowo budowane bazy, bronimy ludzkość przed inwazją z głębin.
Dodatkowym utrudnieniem jest konieczność wykonywania misji bojowych pod wodą, często w ciemności, co nie tylko wpływ ma na ograniczoną widoczność, ale i sposób poruszania się jednostek. Oprócz tego część misji wykonujemy na powierzchni ziemi, gdzie nie działa część z naszych broni świetnie sprawdzających się pod wodą. Z czasem odkrywamy lepszą broń uniwersalną (Gauss) oraz broń soniczną Obcych., Dodatkowo dzięki technologii Obcych coraz skuteczniej radzimy sobie z setkami USO (Unidentified Submerging Objects).
Na nasz status ekonomiczny wpływa między innymi nasza skuteczność w wykrywaniu i zwalczaniu aktywności Obcych (m.in. liczba ofiar cywilnych czy rozmiar zniszczeń) przede wszystkim na terenie państw członkowskich organizacji X-COM.