Potem zadania zmieniono na Kierowanie poszukiwaniami obcej agentury pozostawionej w ZSRR przez obce wywiadu po wojnie i innych wrogich elementów, szef gen. Paweł Sudopłatow. Pod koniec 1946 roku został formalnie rozwiązany i zastąpiony przez Oddział DR Dywersja i akty przemocy wobec poszczególnych osób.Szefami II Zarządu Głównego byli: gen. Piotr Fiodotow 15 VI 1946 – 9 IX 1946 gen. Jewgienij Pitowranow 7 IX 1946 – 3 I 1951 płk Fiodor Szubniakow 3 I 1951 – 1 XI 1951 gen. Ławrientij Canawa 1 XI 1951 – 12 II 1952 gen. Wasilij Riasnoj 12 II 1952 – 3 VII 1953
Szefami byli: W.P Rogow 1946–1949 N.D Sałynski 1949–1950 wakat 1950–1951 P.S Mieszanow 1951–1953 4 Zarząd (operacyjny – rewizje areszty, obserwacja zewnętrzna, ustalenia), szef P.G Drozdieckij. We wrześniu 1949 roku służby – obserwacji i ustaleń – zostały wyłączone z Piątego Zarządu i przekształcone w odrębny Siódmy Zarząd. Od grudnia 1949 roku dla Piątego Zarządu ustalono nowy zakres obowiązków, m.in.: zwalczanie wrogich i antysowieckich elementów, walkę z religią i wrogą propagandą – otrzymał funkcję dawnego Tajnego Zarządu Politycznego NKWD/Ludowego Komisariatu Bezpieczeństwa Państwowego (ros. NKGB). Po reorganizacji szefami Piątego Zarządu byli – gen. Aleksandr Wołkow 1948–1951, gen.