Rodzina W roku 1838 Henryk i jego małżonka Augusta Maria z Bambergów (zm. 1885) porzucili wiarę mojżeszową i przyjęli wyznanie luterańskie. Jedna z ich córek, Matylda (1861–1901) była znaną śpiewaczką i nauczycielką śpiewu, występowała pod pseudonimem Wilma Monti. Poślubiła kuzyna Dawida Ludwika Brühla. Pozostałe dzieci to: Amelja Anna (ur. 4.8.1851, zm. 16.8.1912), Marja (zm. 6.1.1934), Emma (ur. 1854, zm. 11.4.1912 - poślubiła Jana Glińskiego) oraz Alfons Aleksander (ur. 6.12.1859).
Henryk Brühl miał ośmioro rodzeństwa. Z braci wyróżnili się Bogumił (zm. 1854), lekarz, Jakub Ludwik, fabrykant powozów, i Jan Emanuel (zm. 1863), właściciel ziemski, posiadacz Targówka i Grochowa V i VI (według starego podziału tych dóbr), dziś części dzielnic prawobrzeżnej Warszawy. Z bratanków Henryka godni wspomnienia są Dawid Ludwik, warszawski lekarz, i Juliusz Wilhelm, profesor uniwersytetu w Heidelbergu, członek PAU.
Henryk i Augusta Maria Brühlowie zostali pochowani na cmentarzu ewangelickim w Warszawie (Al.27 nr 8), tam też obok kuzyna-małżonka Dawida Ludwika (Al. A nr 33), spoczywa ich córka Matylda oraz jej siostra Amelja Anna.
Odznaczenia Order św.