Pochodzenie thumb|280px|Comma w łacińsko-greckim Codex Ottobonianus (629 Gregory-Aland) Słów tych brakuje w najstarszych rękopisach greckich i najstarszych przekładach. Nie spotyka się ich także w kodeksach Wulgaty sprzed VIII wieku. Najstarsze kodeksy Wulgaty zawierające commę to Codex Cavensis i Toletanus. Prawdopodobnie była to uwaga dopisana na marginesie rękopisów łacińskich, włączona później w niektórych kodeksach do tekstu głównego.
Fragment nie pojawia się także w najstarszych pismach Ojców Kościoła. Klemens Aleksandryjski około roku 200 cytował w kontekście nauki o Trójcy Świętej piąty rozdział 1 J, nie umieścił tam jednak Comma Johanneum. Z kolei Cyprian z Kartaginy w III w. cytuje ten fragment w brzmieniu: „Et iterum de Patre et Filio et Spiritu Sancto scriptum est—Et hi tres unum sunt”De Unitate Ecclesia, vi. Pierwszym przykładem cytowania Comma Johanneum jako fragmentu pierwszego listu Jana są pisma Pryscyliana z IV wieku, który napisał: „Sicut lohannes ait: tria sunt quae testimonium dicunt in terra aqua caro et sanguis et haec tria in unum sunt, et tria sunt quae testimonium dicunt in caelo pater uerbum et spiritus et haec tria unum sunt in Christo lesu” (Priscilliani Tractatus apologeticus, IV w.