Jako poeta nawrócony stworzył swe najbardziej znane dzieło – poemat alegoryczny Łódź młodzi z nawałności do brzegu płynąca opublikowany w Krakowie w roku 1618. Wzorując się na Confessiones Świętego Augustyna oraz elegii pokutnej Hieronima Morsztyna, pod estetycznym wpływem Goffreda abo Jeruzalem Wyzwolonej Tassa-Kochanowskiego opisał w alegoryczny sposób swe nawrócenie i powrót do grona pobożnych. Tak jak Lekcyje Kupidynowe stanowiły swoistą "ars amandi", tak nowy poemat był wzorem nawrócenia i pokuty skierowanym do młodego czytelnika zagubionego wewnętrznie. W swej Łodzi w bogaty intertekstualnie sposób łączy poeta średniowieczną alegorię ze współczesnymi wpływami twórczości emblematycznej.
Poeta religijny Do końca życia pozostał poeta wierny wyznaniu katolickiemu i sprawom duchowym poświęcił większość swych kolejnych dzieł. Najważniejszym utworem w dorobku dojrzałego Twardowskiego jest Pochodnia Miłości Bożej z piącią strzał ognistych (1628), kolejny poemat alegoryczny o tematyce religijnej. W dojrzałych (a więc stworzonych po przełomie wewnętrznym) utworach Twardowski ukazuje i propaguje żarliwa religijność. Wpisuje się tym samym do istotnego nurtu literatury XVI i XVII wieku uogólniająco nazywanego "poezją metafizyczną".