W sporze tym klan Minamoto był podzielony między dwa obozy. Głowa klanu, Tameyoshi, stanął po stronie byłego cesarza Sutoku, zaś jego syn Yoshitomo stanął po stronie byłego cesarza Toba i cesarza Go-Shirakawa razem z Tadamichim i Kiyomorim. W końcu, siły wokół cesarza Go-Shirakawy wygrały wojnę, zapewniając tym samym zwycięstwo Yoshitomo i Kiyomoriemu. Były cesarz Sutoku został zamknięty w areszcie domowym, a Yorinaga zginął w bitwie. Tameyoshi został skazany na śmierć, nie pomogły nawet liczne prośby Yoshitomo. Cesarz Go-Shirakawa i Kiyomori byli niewzruszeni i wyrok został wykonany. Yoshitomo został głową klanu Minamoto, a Yoritomo został spadkobiercą.
Yoritomo pochodził z rodziny cesarskiej od strony ojca i z klanu Fujiwara od strony matki. Otrzymał swój pierwszy tytuł urzędowy i został mianowany administratorem. Niemniej jednak, w Kioto, pomiędzy klanem Taira, kierowanym przez Kiyomoriego oraz klanem Minamoto, pod przewodnictwem Yoshitomo, zaczęły ponownie narastać animozje.