W sezonie 2004/2005 Ivan stracił już jednak silną pozycję w klubie i w bramce „giallo-rossich” występował raz on, raz Gianluca Curci, a raz Carlo Zotti, a Roma po raz kolejny rozegrała słaby sezon zajmując 8. miejsce.

W 2005 roku Pelizzoli odszedł do Regginy Calcio, gdy było pewne, że po przyjściu Brazylijczyka Doniego usiądzie na ławce rezerwowych. W Regginie Pelizzoli spędził sezon 2005/2006, w którym zajął 12. miejsce w lidze, a także rundę jesienną sezonu 2006/2007. W Regginie swój debiut zaliczył 28 sierpnia 2005 w przegranym 0:3 meczu z Romą.

W styczniu 2007 za 3 miliony euro Ivan przeniósł się do rosyjskiego Lokomotiwu Moskwa. W rosyjskiej lidze zadebiutował 18 lipca w meczu z FK Chimki (2:1). W 2007 roku zdobył Puchar Rosji. W sezonie 2009 Pelizzoli grał w rezerwach Lokomotiwu, 31 sierpnia 2009 został wypożyczony do grającego w Serie B AlbinoLeffe, a 26 sierpnia 2010 sprzedany do występującego w Serie A Cagliari Calcio.