Drużyna Universidadu zadebiutowała w pierwszej lidze podczas zremisowango 2:2 meczu wyjazdowego z Américą, w pierwszej kolejce rozgrywek 1974/1975. Niedługo potem komentator Ángel Fernández Rugama ochrzcił zespół przydomkiem Leones Negros (Czarne Lwy), z racji obecności w składzie wielu utalentowanych piłkarzy brazylijskich o czarnym kolorze skóry – wcześniej Universidad był określany tylko przez pseudonim Leones (Lwy).
Najlepszy okres w historii zespołu przypadł na lata 70. XX wieku, kiedy to Universidad wywalczył dwa wicemistrzostwa kraju – 1975/76, porażka w dwumeczu finałowym z Américą 0:4 (0:3, 0:1) i 1976/77, przegrana z Pumas UNAM 0:1 (0:0, 0:1) – oraz Puchar Mistrzów CONCACAF w roku 1978.
Na początku lat 90. zespół Universidadu znalazł się w poważnym kryzysie, na który składała się między innymi słaba kadra drużyny i znikoma liczba kibiców. Po sezonie 1993/94, po 20 latach nieprzerwanej gry w pierwszej lidze, klub został przejęty przez Meksykański Związek Piłki Nożnej, który w celu ograniczenia liczby zespołów w najwyższej klasy rozgrywkowej przeniósł Universidad do trzeciej ligi. W rozgrywkach 1996/97 drużyna wywalczyła awans do Primera División A, gdzie pozostała aż do sprzedania licencji.