W 1996 roku powstała Fundacja „Muzyka Cerkiewna”, do której zadań należało zdobywanie środków finansowych niezbędnych do organizacji przedsięwzięcia. W 1998 Hajnowski Dom Kultury, dotychczasowy organizator festiwalu, przekazał fundacji prawa do organizacji wydarzenia, pozostając równocześnie jednym ze współorganizatorów. Pod koniec lat 90., gdy festiwal cieszył się już dużym uznaniem w świecie muzycznym, zaczęły narastać nieporozumienia między organizatorami a władzami Polskiego Autokefalicznego Kościoła Prawosławnego. Spory doprowadziły ostatecznie do tego, iż od 2002 roku Międzynarodowy Festiwal Muzyki Cerkiewnej „Hajnówka” organizowany jest już bez współudziału polskiej Cerkwi. Edycja w 2002 roku odbyła się jeszcze w Hajnówce, natomiast wszystkie kolejne w Filharmonii Podlaskiej i Pałacu Branickich w Białymstoku.
Formuła festiwalu Celem Międzynarodowego Festiwalu Muzyki Cerkiewnej „Hajnówka” w Białymstoku jest „prezentacja światowego dorobku oraz popularyzacja wysokich wartości artystycznych i duchowych muzyki cerkiewnej”.