Opłaty za pobór wód do celów prowadzonej działalności stanowią rodzaj opłaty za korzystanie z zasobów środowiska. Wody krajowe podzielono na wody powierzchniowe i wody podziemne. Każdy z dwóch rodzajów wód ma inny sposób naliczania opłat. Wysokość należnej opłaty jest uzależniona od czynników takich jak : ilości wody pobranej, sposobu wykorzystania tej wody oraz sposobu uzdatniania wody dla wód podziemnych. Dla wód powierzchniowych oprócz wcześniej wspomnianych, dodatkowym czynnikiem jest współczynnik różnicujący uzależniony od obszarów działania Regionalnych Zarządów Gospodarki Wodnej. Współczynnik ten wiąże się z dostępnością zasobów wodnych na danym obszarze. Stawki opłat za pobór wód podziemnych są wyraźnie wyższe niż za pobór wód powierzchniowych. Niższe stawki zarówno za pobór wód podziemnych jak i powierzchniowych obowiązują przy wykorzystaniu tych wód na potrzeby zaopatrzenia ludności na cele socjalno-bytowe czy w mniejszym stopniu na potrzeby produkcji na przykład leków czy żywności. Przy naliczaniu opłaty za pobór wód, nie bez znaczenia jest także jakość tych wód. Wody lepsze jakościowe są droższe.