Poruszał się głównie po prowincji Juba w Sudanie, jak i podmokłych obszarach pomiędzy rzekami Nil i Kongo, ocierając się o północne brzegi Jeziora Wiktorii.
Gdy w Sudanie w 1881 wybuchło powstanie Mahdiego, wycofał się na czele 10 000 ludzi (w tym kobiet i dzieci) nad Jezioro Alberta. Po zagładzie brytyjskiej armii Gordona w roku 1885 Emin Pasza dysponował jedyną armią zdolną odeprzeć siły mahdystów na południu. Gdy jego stanowisko w Wadelai było zagrożone, wysłano mu z Europy na pomoc dwie ekspedycje, z których pierwsza (z 1885 roku), pod dowództwem Lenza i G.A. Fischera, nie powiodła się.
W 1887 roku Henry Morton Stanley przyszedł z pomocą armii Emina Paszy. Wyruszywszy z ujścia rzeki Kongo Stanley dotarł do Emina Paszy nad brzegami Jeziora Alberta i ewakuował jego ludzi do BagamoyoBagamoyo było centrum administracyjnym Niemieckiej Afryki Wschodniej. na wybrzeżu Oceanu Indyjskiego w pobliżu Zanzibaru. W międzyczasie, po powrocie Stanleya do Aruwimi, na skutek rokoszu Emin Pasza został zdegradowany, lecz wkrótce znowu obrany wodzem (mianowany paszą przez kedywa Egiptu w nagrodę za zachowanie dla niego Sudanu). Po przybyciu do Bagamoyo Emina Paszę spotkał przykry wypadek.