1 kwietnia 1579 roku król Stefan Batory nadał kolegium jezuickiemu w Wilnie statut uniwersytecki. Nowa szkoła pod nazwą Akademii Wileńskiej była pierwszą szkołą wyższą w Wielkim Księstwie Litewskim i drugą w Rzeczypospolitej (po Krakowie). Pierwszym rektorem placówki był Piotr Skarga, a wykładali często cudzoziemcy, m.in. Anglik, James Bosgrave. W 1661 powstała jezuicka Akademia Lwowska. Jedno z wiodących kolegiów znajdowało się w Poznaniu (kolegium poznańskie), jednak przyznawane mu przywileje akademickie były blokowane przez konkurencyjną Akademię Krakowską.
Fundatorami kolegiów jezuickich byli zazwyczaj przedstawiciele rodów magnackich i możnych rodów szlacheckich. Pierwsze kolegium jezuickie na Rusi Czerwonej ufundowała w Jarosławiu w 1574 Zofia z Odrowążów Tarnowska. Anna Chodkiewiczowa, żona Jana Karola Chodkiewicza przekazała jezuitom w 1625 kolegium w kolegium jezuitów w Ostrogu. Mikołaj Krzysztof Radziwiłł w 1582 ufundował kolegium jezuitów w Nieświeżu, a jego brat Stanisław Radziwiłł przekazał na rzecz Akademii Wileńskiej wieś Łukiszki. Natomiast jego syn Albrycht Radziwiłł ufundował w 1631 kolegium jezuitów w Pińsku. Lew Kazimierz Sapieha założył kolegium jezuitów w Brześciu. Kazimierz Leon Sapieha wspierał jezuitów w Grodnie i Wilnie.