PHP 3 W 1997 roku projektem zainteresowali się dwaj izraelscy programiści: Zeev Suraski i Andi Gutmans. Odkryli oni, że PHP/FI ma zbyt małe możliwości na potrzeby aplikacji eCommerce, którą tworzyli na uniwersytecie. Zdecydowali wtedy, że przepiszą kod PHP całkowicie od nowa, korzystając z pomocy już istniejącej społeczności PHP. W czerwcu 1998 roku ogłosili PHP 3.0 jako następcę PHP/FI, którego dalszy rozwój został wtedy zatrzymany. Był to wielki krok naprzód. PHP 3.0 posiadało całkowicie nową architekturę, która znacznie zwiększała wydajność. Pojawiły się w niej zalążki programowania obiektowego, ale najważniejszą cechą aplikacji była jej modułowość. Użytkownicy mogli rozszerzać teraz funkcjonalność języka poprzez dodawanie nowych modułów.
PHP 4 Krótko po wydaniu PHP 3, w zimie 1998 Zeev Suraski oraz Andi Gutmans jeszcze raz zabrali się za przepisywanie kodu źródłowego PHP, korzystając z doświadczeń nabytych przy pracach nad poprzednią wersją. Za główne cele obrali poprawienie modułowości oraz wydajności złożonych aplikacji. Choć dotychczasowa wersja potrafiła sobie z nimi poradzić, nie była jednak stworzona do tego celu i przegrywała przez to z innymi rozwiązaniami.