Reszta ekspedycji posuwała się wzdłuż zachodnich stoków pasma, przy czym spotkanie nastąpiło w okolicach dzisiejszego Vancouver. Powrotna droga wiodła na południe wzdłuż wybrzeża Pacyfiku przez tereny objęte powstaniem Indian z plemion Tututni i Takelma, na czele których stał wódz John.

Przez ponad 4 lata (od maja 1857 do lipca 1861 r.), porucznik Abbot asystował kapitanowi Andrew A. Humphreysowi w badaniu dolnego biegu i delty rzeki Missisipi, którego celem było znalezienie najlepszego sposobu ochrony ziemi przed zalaniem i zapewnienia niezawodnego żeglugi przez ujście rzeki. Jego praca była tak cenna, że Humphreys uczynił go współautorem raportu. Ich raport pt. Report upon the Physics and Hydraulics of the Mississippi River (1861) znacznie poszerzył wiedzę na temat hydrauliki rzecznej, chociaż wyrażone w nim przekonanie, że same tamy mogą zapobiec katastrofalnym powodziom wzdłuż rzeki, okazało się ostatecznie błędne.

W czasie wojny secesyjnej Abbot dosłużył się stopnia generała-majora, dowodząc oddziałami ochotniczymi wojsk Unii.