Zdobycie Sępólna Krajeńskiego 27 stycznia 1945 roku przez żołnierzy 175 Dywizji strzeleckiej z 125 Korpusu Strzeleckiego należącego do 47 Armii w czasie ofensywy styczniowej Armii Czerwonej zakończyło w miejscowości rządy reżimu III Rzeszy. Na podstawie dekretu PKWN z 31 sierpnia 1944 zostały utworzone miejsca odosobnienia, więzienia i ośrodki pracy przymusowej dla „hitlerowskich zbrodniarzy oraz zdrajców narodu polskiego”. Obóz pracy nr 164 Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego utworzyło w Sępolnie. thumb|Rondo im. ks. Emanuela Grudzińskiego u zbiegu ulic T. Kościuszki i Chojnickiej

W 2000 roku zawieszono ruch pociągów na przebiegającej przez miasto linii Nakło – Chojnice, a w 2001 roku zlikwidowano tutejszy sąd.

Zgodnie z rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 31 lipca 2012, z dniem 1 stycznia 2013 granice miasta zostały poszerzone o 73,42 ha.

Przynależność administracyjna 1878–1920 – prowincja Prusy Zachodnie 1920–1939 – województwo pomorskie 1939–1945 – Okręg Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie 1945–1950 – województwo pomorskie 1950–1975 – Województwo bydgoskie (1950–1975) 1975–1998 – Województwo bydgoskie (1975–1998).