Wikariat w Écully Pierwsze trzy lata swojego kapłaństwa spędził jako wikary w Écully u boku swojego przyjaciela księdza Balleya. Jako wikary odznaczał się wielką gorliwością w pełnieniu obowiązków kapłańskich. Ze względu na słabe wyniki egzaminu z łaciny nie otrzymał początkowo, wraz ze święceniami kapłańskimi prawa słuchania spowiedzi – co może zdumiewać, zważywszy, że lata później otrzymał przydomek „męczennika konfesjonału”. Zamiast tego chrzcił, udzielał ślubów, oraz nauczał religii. Nie był księdzem pokazowym. Na początku swojego kapłaństwa głosił schematyczne kazania, jąkał się i często gubił wątki.
Niemniej jednak zyskał duży autorytet wśród parafian. Od pierwszych dni kapłaństwa całą swoją pensję rozdawał ubogim. Gdy dostał nowe ubrania, pościel lub buty – także je rozdawał. Prawo do spowiadania otrzymał parę miesięcy później, znów dzięki wstawiennictwu księdza Balleya u wikariusza generalnego. Vianney okazał się mądrym, uważnym, ale też surowym spowiednikiem. Często nie udzielał rozgrzeszenia osobom u których nie widział żalu za grzechy. Niekiedy sam umartwiał się za swoich penitentów.