Krytyka Sidneya Johnstona przybrała na sile po utracie Tennessee. Opinia publiczna oskarżały go o niekompetencję, pijaństwo, a nawet zdradę. Kongresmani z Tennessee pisali do Jeffersona Davisa petycje, aby usunąć go z dowodzenia. Prezydent Skonfederowanych Stanów Ameryki. odpowiedział „Jeżeli Sidney Johnston nie jest generałem, to możemy od razu się poddać, bo nie mamy generała”. Johnston odmówił odpowiadania na krytykę.
Wziął udział w krwawej bitwie pod Shiloh, będącej w owym czasie pierwszym tak brutalnym starciem obu sił w tej wojnie. Bitwa zaczęła się 6 kwietnia 1862 roku, gdy generał Johnston (pomimo opóźnień spowodowanych przez niesprzyjającą pogodę) zaatakował niespodziewające się niczego siły Unii. Jako głównodowodzący, sam brał udział w szturmach, co stało się powodem jego zguby. Podczas zwycięskiego pierwszego dnia bitwy został ranny w kolano. Zmarł krótko po tym w wyniku silnego krwawienia. Najprawdopodobniej śmiertelny strzał został oddany nie przez wroga, lecz przez któregoś z żołnierzy Konfederacji.