Szczególne obawy towarzyszyły także kwestiom bezpieczeństwa w czasie Igrzysk. Ryzyko zamachów terrorystycznych sprawiło, że zwiększono nakłady finansowe na ochronę sportowców i członków ekip. W czasie zawodów Ateny patrolowało około 70 tys. policjantów. W marcu 2004 Grecja zwróciła się do NATO o pomoc w zabezpieczeniu Igrzysk. Jednocześnie Grecy wyrazili sprzeciw, by niektórym ekipom (np. USA, Wielkiej Brytanii czy Izraela) towarzyszyły jednostki ochrony.
Przed Igrzyskami serię jednodniowych strajków przeprowadzili pracownicy hoteli oraz kierowców karetek, którzy domagali się podwyżek płac.
Symbole Igrzysk w Atenach Oficjalne logo ateńskich Igrzysk przedstawia stylizowany wieniec z gałązek oliwnych, który wręczany był zwycięzcom antycznych igrzysk. Kolory logo – biel i błękit – nawiązują do kolorów greckiej flagi. Poniżej znajduje się napis Ateny 2004 (ΑΘΗΝΑ 2004), a pod nim flaga olimpijska.
Ogień olimpijski rozpalono w Olimpii 25 marca 2004.