5 września 1939 pod Hańczową i Gładyszowem batalion odpierał ataki oddziałów rozpoznawczych niemieckiej 1 Dywizji Górskiej.
7 września działająca w składzie OW „Lucjan” („Wysowa”) 3 kompania ON toczyła ciężkie walki z niemieckim I batalionem 100 pułku strzelców 1 Dywizji Górskiej. Wobec groźby obejścia ich pozycji zmuszony był się wycofać. Główne siły Gorlickiego batalionu ON opóźniały niemieckie jednostki górskie pod Zdyną i Gładyszowem. Wycofywał się do Małastowa a następnie na Nowy Żmigród. Część żołnierzy batalionu odeszła na Rozdziele, gdzie uzbrojona w ckm stawiła opór w obronie miejscowości. Po wycofaniu się obrońców, I/100 psg zamordował 9 mężczyzn, w tym trzech żołnierzy pochodzących z tej miejscowości.
8 września wieczorem zbierający się w rejonie Krościenka Wyżnego Gorlicki batalion ON został rozbity i rozproszony przez niemiecki zmotoryzowany oddział pościgowy „Lang” wysłany przez 1 Dywizję Górską. Zaginęli: kpt. Stanisław Czwiertnia i kpt. Józef Fryzel. Pozostałości batalionu pod dowództwem por. rez. Jana Pabisa odeszła w kierunku pozycji 3 Brygady Górskich Strzelców.