Następnie pełnił funkcję prefekta różnych szkół, w których był też profesorem teologii moralnej: w Poznaniu 1667–1668, w Rawie 1668–1669, w Sandomierzu 1669–1670, w Lublinie 1670–1671, we Lwowie 1671–1672 i w Łucku 1672.
W latach 1672–73 był misjonarzem w Konstantynopolu. W latach 1673–75 profesorem teologii moralnej w Kaliszu. Następnie został instruktorem III probacji – funkcję tę sprawował w Jarosławiu w latach 1675–1676. Ostatnie lata życia, 1676–1700, spędził jako misjonarz dworski wojewody ruskiego Stanisława Jana Jabłonowskiego.
Działalność Teofil Rutka pisał po łacinie, ale dzieła swoje publikował także w przekładach na język polski. Zasłynął przede wszystkim jako retor. Pozostawił po sobie ceniony i popularny (wiele odpisów) podręcznik retoryki Rhetor polonus. Poza tym był bardzo płodnym pisarzem – jest autorem wielu prac polemicznych, ascetycznych i dotyczących patrystyki. Wiele książek i broszur poświęcił sprawom Kościoła wschodniego, np. różniącego prawosławie i katolicyzm problemu filioque. Działał też na rzecz nawrócenia muzułmanów. Wydawał także pisma, w których mobilizował władców chrześcijańskich do założenia ligi antytureckiej.